網走ジュニアＦＣ（４種）は、網走ジュニアユースＦＣ（３種）とのクラブ申請を日本サッカー協会にしています。
４種では単独チームで活動しますが３種（中学生チーム）に於いては、網走ジュニアユースＦＣの一員として活動していきます。
各種のＵ−１５大会についても、大会規定によっては参加することが可能となりました。